Etapa 1994-2001: òrgan desconcentrat del Departament

1994: es crea i posa en marxa el CCPAE com a òrgan desconcentrat del Departament d'Agricultura com a autoritat única de control de la producció ecològica a Catalunya. Ramon Lletjós pren el timó de la presidència del Consell fins a les primeres eleccions.

1997: se celebren les primeres eleccions a membres de la Junta Rectora i s'elegeix el primer president resultant de sufragi, a Salomó Torres.

1999: el CCPAE participa a la reunió fundacional d'Intereco, entitat que agrupa les autoritats públiques de control de la producció ecològica a l'Estat.

2000: a finals d'any el Parlament de Catalunya crea per llei el CCPAE com a corporació de dret públic amb personalitat jurídica pròpia, autonomia i plena capacitat d'obrar.

Etapa 2001-2014: corporació de dret públic

2001: s'aprova tant el Decret de composició i les funcions del CCPAE com el seu Reglament de Règim Intern. La creació de l?entitat suposa una allau d?inscripcions.

2002: se celebren les segones eleccions a membres de la Junta Rectora i Joan Font surt elegit com a president del Consell

2005: el CCPAE obté l'acreditació segons la Norma UNE-EN-45011 (ara Norma UNE-EN ISO/IEC 17065) per a la certificació de la producció ecològica. És la primera autoritat pública de control a la Unió Europea a aconseguir-la.

2005: se celebra a Mollerussa el Primer Congrés Català de la Producció Agroalimentària Ecològica i es publica el Llibre Blanc com a eina d'anàlisi i estudi del sector.

2006: se celebren les terceres eleccions a membres de la Junta Rectora. Daniel Valls es converteix en president de l?entitat.

2008: s'aprova el primer Pla d'acció de la producció agroalimentària ecològica 2008-2012 de la Generalitat de Catalunya per promoure les produccions i el consum d'aliments ecològics.

2009: any en què es comença a aplicar la nova normativa europea (Reglament CE 834/2007, que substitueix la de l'any 1991. El CCPAE es converteix en membre d'IFOAM (Federació Internacional dels Moviments d'Agricultura Orgànica).

2010: al juny se celebren les quartes eleccions a membres de la Junta Rectora. Daniel Valls és reelegit com a president.

2010: al juliol d'aquest any s'introdueix el nou logo europeu de producció ecològica ('eurofulla') a l'etiquetatge dels aliments.

2012: després de dos anys de transició, l'eurofulla passa a ser el segell obligatori per als productes ecològics certificats segons normativa europea.

2014: el Parlament de Catalunya aprova una nova llei que atorga autonomia financera al CCPAE. L?entitat es converteix en 100% autosuficient en termes econòmics.

2014-2018: anys de dur debat al voltant de la futura normativa europea de producció ecològica, en què el CCPAE és present a través d'IFOAM i EOCC.

2018: finalment, la Unió Europea aprova el 2018 un nou Reglament, que inicialment s'aplicaria a partir de l'1 de gener del 2021, però es va posposar a l'1 de gener del 2022.

2019: se celebren les quartes eleccions a membres de la Junta Rectora. David Torrelles és elegit el nou president de l'entitat, i actualment continua exercint com a tal.

2019: el CCPAE celebra els seus 25 anys com a autoritat de control de la producció agrària ecològica de Catalunya.

2020-actualitat: pandèmia, nova normativa i digitalització de l'entitat

2020: arriba la pandèmia. CCPAE prepara la transició cap a la digitalització, facilitant-ne la tramitació telemàtica. Es fa un canvi de seu: de l'Avinguda Meridiana al carrer Doctor Roux.

2021: es planifica tot el procés de digitalització.

2022: el CCPAE comença a certificar segons la nova normativa europea, d'aplicació des de l'1 de gener de 2022. Ha adaptat tot el sistema de Qualitat (formularis, procediments, especificacions i altres documents) i ha informat els operadors dels canvis normatius aprovats i ja aplicables.

Es fan passos importants en el procés de digitalització, amb una nova plataforma de tràmits i un nou gestor d'expedients.