Etapa 1994-2001: órgano desconcentrado del Departamento

1994: se crea y pone en marcha el CCPAE como órgano desconcentrado del Departamento de Agricultura como autoridad única de control de la producción ecológica en Cataluña. Ramon Lletjós toma el timón de la presidencia del Consell hasta las primeras elecciones.

1997: se celebran las primeras elecciones a miembros de la Junta Rectora y se elige al primer presidente resultante de sufragio, en Salomó Torres.

1999: el CCPAE participa en la reunión fundacional de Intereco, entidad que agrupa a las autoridades públicas de control de la producción ecológica en el Estado.

2000: a finales de año el Parlamento de Cataluña crea por ley el CCPAE como corporación de derecho público con personalidad jurídica propia, autonomía y plena capacidad de obrar.

Etapa  2001-2014: corporación de derecho público

2001: se aprueba tanto el Decreto de composición y funciones del CCPAE como su Reglamento de Régimen Interno. La creación de la entidad supone un alud de inscripciones.

2002: se celebran las segundas elecciones a miembros de la Junta Rectora y Joan Font sale elegido como presidente del Consejo

2005: el CCPAE obtiene la acreditación según la Norma UNE-EN-45011 (ahora Norma UNE-EN ISO/IEC 17065) para la certificación de la producción ecológica. Es la primera autoridad pública de control en la Unión Europea en conseguirla.

2005: se celebra en Mollerussa el Primer Congreso Catalán de la Producción Agroalimentaria Ecológica, y se publica el Libro Blanco como herramienta de análisis y estudio del sector.

2006: se celebran las terceras elecciones a miembros de la Junta Rectora. Daniel Valls se convierte en presidente de la entidad.

2008: se aprueba el primer Plan de Acción de la producción agroalimentaria ecológica 2008-2012 de la Generalidad de Cataluña para promover las producciones y el consumo de alimentos ecológicos.

2009: año en que se empieza a aplicar la nueva normativa europea (Reglamento CE 834/2007, que sustituye a la del año 1991. El CCPAE se convierte en miembro de IFOAM (Federación Internacional de los Movimientos de Agricultura Orgánica).

2010: en junio se celebran las cuartas elecciones a miembros de la Junta Rectora. Daniel Valls es reelegido como presidente.

2010: en julio de este año se introduce el nuevo logo europeo de producción ecológica ('eurohoja') en el etiquetado de los alimentos.

2012: después de dos años de transición, la eurohoja pasa a ser el sello obligatorio para los productos ecológicos certificados según normativa europea.

2014: el Parlamento de Cataluña aprueba una nueva ley que otorga autonomía financiera al CCPAE. La entidad se convierte en 100% autosuficiente en términos económicos.

2014-2018: años de duro debate en torno a la futura normativa europea de producción ecológica, en el que el CCPAE está presente a través de IFOAM y EOCC.

2018: finalmente, la Unión Europea aprueba en 2018 un nuevo Reglamento, que inicialmente se iba a aplicar a partir del 1 de enero de 2021, pero se pospuso al 1 de enero de 2022.

2019: se celebran las cuartas elecciones a miembros de la Junta Rectora. David Torrelles es elegido el nuevo presidente de la entidad, y en la actualidad sigue ejerciendo como tal.

2019: el CCPAE celebra sus 25 años como autoridad de control de la producción agraria ecológica de Cataluña.

2020-actualidad: pandemia, nueva normativa y digitalización de la entidad

2020: llega la pandemia. CCPAE prepara la transición hacia la digitalización, facilitando la tramitación telemática. Se realiza un cambio de sede: de la Avenida Meridiana en la calle Doctor Roux.

2021: se planifica todo el proceso de digitalización.

2022: el CCPAE comienza a certificar según la nueva normativa europea, de aplicación desde el 1 de enero de 2022. Ha adaptado todo su sistema de Calidad (formularios, procedimientos, especificaciones y otros documentos) y ha informado a los operadores de los cambios normativos aprobados y ya de aplicación.

Se dan pasos importantes en el proceso de digitalización, con una nueva plataforma de trámites y un nuevo gestor de expedientes.